Deri më tani universitetet publike janë drejtuar nga Rektorët, autoriteti më i lartë drejtues i tyre, por sipas projektligjit më të ri të qeverisë, kjo gjë do të marrë fund. Universiteti tashmë do të drejtohet nga Bordet e Administrimit, në përbërje të të cilëve do të jenë 7 anëtarë. Katër prej tyre do të zgjidhen nga vetë universiteti, ndërsa tre do të propozohen nga Ministria e Arsimit.
Kjo do të jetë për rastet kur universiteti siguron vetë gjysmën e financimit, kurse kur nuk e siguron atë, Ministria e Arsimit do të emërojë 4 anëtarë të këtij Bordi, duke marrë kështu shumicën drejtuese. Sipas projektligjit të bërë publik nga ''Panorama", "Organi më i lartë administrativ dhe përgjegjës për përmbushjen e misionit të institucionit të Arsimit të Lartë është Bordi i Administrimit"
Bordi do të menaxhojë financat e universitetit dhe burimet njerëzore, praktikisht gjithçka që ka të bëjë me menaxhimin ekonomik. Sipas të dhënave të projektligjit do të jetë Bordi ai që do të miratojë administratorin e universitetit, ndërsa administratori do të emërojë ndihmësit e tij në fakultete e departamente.
Rektorëve dhe dekanëve u është lënë në dorë vetëm drejtimi akademik i universitetit.
